明朝万历元年（1573年）
从东莞县分出，置新安县，民户7608户，男女共33971口，官、民、灶、僧等田地、山塘共2911倾多，立新安县（辖深圳、香港），取“革故鼎新，转危为安”之意。县治设在今南头古城。

清康熙元年（公元1662年）为断海上反清复明船只的给养，实行“迁界禁海”，沿海县份，内迁50里。

康熙元年（1662）二月，副都统科尔坤、兵部侍郎介山到广东推行迁界令，沿海的钦州、合浦、石城、遂溪、海康、徐闻、吴川、茂名、电白、阳江、恩平、开平、新宁、新会、香山、东莞、新安、归善、海丰、惠来、潮阳、揭阳、澄海、饶平等二十四州县均在迁界之列。

随后在“东越饶平大城所上里尾，西越钦州防城的沿边划界”，于高处建炮台和报警烟墩，每隔二十里设一营盘，驻兵戍守。遇有越界者，即发烟示警，左右合围，予以捕杀。在界外地区不准人民居住，房屋全部拆毁，田地不准耕种，不准出海捕鱼，凡越出界者立斩。


屈大均《广东新语》说广东省的情况，“东起大虎门，西迄防城，地方三千余里，以为大界。民有阑出咫尺者执而诛戮。而民之以误出墙外死者又不知几何万矣。自有粤东以来，生灵之祸莫惨于此”。


因新安县有近三分之二领地被划入迁界范围，人口仅剩北部山区2172户。南头古城除城墙外，城内房屋均遭拆毁，其建筑材料用于修建界墙，故又曾一度并入东莞县。


清康熙八年（1669年）在广东巡抚王来仁的再三奏请下复置新安县，治所在今南头古城。

据史书记载，当时有些地方为了快速打造沿海无人区，在《迁海令》下达的当日便开始大肆焚烧百姓房屋。民惶惶鸟兽散，沿海百姓死伤惨重，流离失所。

康熙七年正月奉文，着南北洋百姓砌筑界墙，从江口至枫亭。墙阔四尺，高六尺，每户计筑二丈一尺。界口起了望楼一座，遇海另筑界堤。”


“关于沿边设兵戍守的堡塞，福建称之为寨、墩，广东称之为台、墩。大致情况是：‘界畛既截，虑出入者之无禁也，于是就沿边扼塞建寨四，墩十数，置兵守之。城外乡民按户征银，照丁往役。……一寨之成，费至三四千金，一墩半之。拷掠鞭捶，死于奔命者不知凡几矣。’‘寨周阔百六十丈，墩周阔十丈不等”。“五里一墩，十里一台，墩置五兵，台置六兵，禁民外出’。


阮旻锡《海上见闻录》中说“上自辽东，下至广东，皆迁徙，筑短墙，立界碑，拨兵戍守，出界者死，百姓失业流离死亡者以亿万计”。

顺治十八年(1661年)郑成功率军收复了台湾，

第二年八月(即康熙元年)便因积劳成疾的病逝于台湾。

郑成功的部队便由其子郑经率领继续以台湾为大本营，坚持不懈地在东南沿海开展抗清斗争。

并于康熙二年(1663年)二月与清军大战于龙门岛，失败后进入十万大山(时属廉州府辖)，还在十万大山开展了为期四年的游击战。

顺治七年(1650年)正月，郑成功派部将郑雄攻占了时属廉州府管辖的钦州龙门岛。此后至康熙十七年(1678年)八月的28年间，龙门岛也就成为郑成功部攻打廉州府的跳板，廉州府也就成了郑成功部与清军的主战场之一。

康熙十六年(1677年)，郑经部将自台湾率船80艘，兵1000余人，攻入廉州湾后进而进攻龙门岛，但被清军击退。

康熙十七年(1678年)六月二十三日，郑经又派总兵谢琅率部将张荒、杜起龙等自台湾乘战船来围攻廉州。此战双方激战异常，攻守经日，最后被清军以两镇总兵的兵力内外合力击退。

郑军转而进攻龙门岛又失利，此后，虽然郑成功多次反攻，但因康熙帝在廉州设置了廉州总兵府，乾体营水师及龙门协水师，郑军进攻均以失败告终。

康熙二十年(1683年)七月二十七日，郑成功之孙郑克爽向清廷缴印投降，由此“海疆平静，停止迁界令”，各省展立界限，俾迁民归里，招垦荒地”。

“人世难逢开口笑，上疆场彼此弯弓月”，历史总是血和泪！

烽火台，俗称烽堠、烟墩，通过点燃烟火来传递军情。小南山顶的赤湾烟墩，又名小南山烽火台。它曾在深圳抗击倭寇、海盗的历史中发挥过重要作用。
清康熙版《新安县志·防省志》曾记载官兵在此抗击海盗的事件：“（嘉靖）三十年，海寇何亚八率彝人入寇东莞所，千户万里守南山烟墩，遇贼战死。后指挥使李茂材率官兵剿之。”南山烟墩就是现在的赤湾烟墩。

赤湾烟墩建于明洪武二十七年（公元1394年），海拔280米，赤湾烟墩的地理位置与形势也极为险要，它与冈墩、伏涌墩、嘴头墩、赤岗墩、鳌湾墩均隶属于东莞守御千户所（南头古城）。站在墩台上，极目眺望，南可览内伶仃岛、伶仃洋，东可望至深圳、香港元朗一带，西面的珠江口和北面的前海、福永海及南头古城、后海等尽收眼底。因此，赤湾烟墩是东莞守御千户所所辖最重要的一个烟墩。


　　1988年7月，赤湾烟墩遗址被深圳市政府公布为“市级文物保护单位”；2001年，南山区政府对它进行了重修。如今，人们徒步至小南山山顶，依然能在一片绿意中登上赤湾烟墩，瞭望整个赤湾及周边海域，怀古追远。